猪胴体性状全基因组关联分析及背膘厚主效基因筛选研究

【摘要】本研究从基因组水平对猪的重要且复杂的经济性状-胴体性状研究，并筛选背膘厚性状的主效候选基因。本研究构建了大白猪×民猪F2代资源群体，对其应用IlluminaPorcineSNP60KBeadChip基因分型，之后对猪的胴体性状进行了全基因组关联分析（Genome-wideAssociationStudy,GWAS），并对背膘厚性状的显著区间深入研究筛选主效候选基因。1、对F2资源群体的头重、蹄重、板油重、背膘厚、胴体长、胴体重和屠宰体重七个性状进行描述分析，均值分别为7.52kg,1.69kg,1.46kg,3.84cm,95.58cm,78.96kgand109.11kg。2、根据GRAMMAR-GC(Genome-wideRapidAssociationusingtheMixedModelandRegression-GenomicControl)计算方法，应用R语言环境下GenABEL软件包和DMU软件对F2资源群体个体的头重、蹄重、板油重、背膘厚、胴体长、胴体重和屠宰体重7个性状进行全基因组关联分析。结果显示除胴体重外，其余6个指标均检测到了全基因组水平显著相关的SNP位点（P<1.03E–06），显著位点个数分别为头重63个、蹄重84个、板油重56个、屠宰体重8个、胴体长78个及背膘厚35个。这些显著位点均位于7号染色体上，几乎全部聚集于31Mb到49Mb范围内。3、通过单倍型分析、选择性清除分析方法对背膘厚GWAS显著区间进一步分析，将显著区间缩小至0.50Mb（34755605-35332315）区段，该区域内含有六个已有注释的基因（HMGA1、GRM4、NUDT3、RPS10、SPDEF和PACSIN1）。对这6个基因在两个试验群体（60d/150d/210d民猪、大白猪试验群体和60d二花脸猪、大白猪试验群体）背膘组织中进行荧光定量PCR分析，发现只有HMGA1mRNA有显著性的表达差异（P<0.05）。因此，HMGA1被确定为猪背膘厚的主效候选基因。4、对小鼠3T3-L1前体脂肪细胞系HMGA1基因进行了RNAi试验，对转染了siRNA的细胞和阴性对照细胞诱导分化后进行荧光定量试验，结果显示干扰后，HMGA1、C/EBP-β和PPARγ基因的mRNA表达量都显著下调（P<0.05）。此结果也说明了HMGA1在3T3-L1前体脂肪细胞分化为脂肪细胞的过程中发挥作用。
【作者】刘欣；
【导师】王立贤；
【作者基本信息】中国农业科学院，动物遗传育种与繁殖，2014，博士
【关键词】猪；全基因组关联分析；背膘厚；RNA干扰；HMGA1；

【参考文献】
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